כללי במקרה הנדון קיבלו חיילים פקודה לירות בעשרה אנשים למוות היות והם נחשדים כטרוריסטים. הירי היה לשם הרג החשודים, ולא נבע מתוך הגנה עצמית היות והם כבר נתפסו.  במהלך האירוע ולפניו הועברו שתי קבוצות פקודות – המפקד האזורי הורה למפקד הכח לנקות את היישוב מטרוריסטים ולירות על מנת להרוג במגע עמם, ואילו מפקד הכוח הורה לחייליו לאחר התפיסה ולאחר שהובאו למרכז העיר, לירות בטרוריסטים למוות. נשאלת השאלה האם בשל היותן של הפקודות לא מוסריות היו הן גם בלתי חוקיות בעליל ולכן היה על החיילים ואולי גם על המפקד לסרב להם מלכתחילה בשל אי חוקיותן.
החוק הישראלי המתייחס לציות לפקודה מעניק למצווה בפקודה שתי הגנות משפטיות בהחלטתו שלא לבצע את שנצטווה.  סע' 34 י"ג (2) לחוק העונשין משחרר אדם מאחריות פלילית למעשה או למחדל באם היו הם "בעליל שלא כדין"[1],  כאשר חוק השיפוט הצבאי פוטר אדם מאחריות פלילית אם סרב/לא קיים/ התרשל בקיום פקודה אשר ברור וגלוי כי היא אינה חוקית[2] . פרופסור פרוש מתייחס באותו האופן למונח "ברור וגלוי" ולמונח "בלתי חוקי בעליל", ולפיכך יתייחס הכותב לשתי ההגנות כאחת[3].
השופט הלוי בביד"צ מלינקי[4], מגדיר את הפקודה הבלתי חוקית בעליל  ככזו שסימן היכרה צריך שיתנוסס כדגל שחור מעל לפקודה הנתונה, וככתובת אזהרה האומרת: "אסור!". לא אי חוקיות פורמאלית, נסתרת או נסתרת למחצה, לא אי חוקיות המתגלה רק לעיני חכמי משפט חשובה כאן, אלא: "הפרת חוק גלויה ומובהקת, אי חוקיות ודאית והכרחית המופיעה על פני הפקודה עצמה, אופי פלילי ברור של הפקודה או של המעשים שהפקודה מצווה לעשותם, אי חוקיות הדוקרת את העין ומקוממת את הלב, אם העין אינה עיוורת והלב אינו אטום או מושחת – זוהי מידת אי החוקיות הדרושה כדי לבטל את חובת הציות של חייל ולהטיל עליו את האחריות הפלילית למעשיו". ביהמ"ש מבהיר כי מבחן "הדגל השחור" הינו מבחן אובייקטיבי לפיו גם אם האדם שקיבל את הפקודה אינו בעל ערכי מוסר גבוהים והוא אינו רואה את הפקודה כמשהו שהינו הפרה גלויה של החוק אשר הינה אסורה, אם אדם סביר היה רואה זאת כך אזי מתנוסס שם דגל שחור ואין לבצע את הפקודה.  עם זאת, לא תמיד פשוט להבחין בין פקודה הדוקרת את העין ומקוממת את הלב לבין כזו שאינה עושה זאת היות ומדובר כאן בזווית מוסרית – ערכית ולא בהכרח ראייתית ברורה. לפיכך, ראוי לנסות ולהבין האם הפקודה שניתנה ע"י המפקדים היתה בלתי חוקית בעליל או לאו, וכן האם מספיקה כאן הקביעה המוסרית כי פקודה זו "דוקרת את העין ומקוממת את הלב".  לעניין זה אתייחס לשתי גישות בפילוסופיה של המשפט המנסות לעמוד על מקור התוקף הבסיסי לקיומו של כלל משפטי:
הגישה הטבעית והגישה הפוזיטיביסטית. [1] חוק העונשין, תשל"ז-1977 [תיקון אחרון: 20/11/02]. סע' 34
יג. צידוק [תיקון: תשנ"ד] , לא יישא אדם באחריות פלילית למעשה שעשה באחד מאלה: (2) עשהו על-פי צו של רשות מוסמכת שהיה חייב לפי דין לציית לה, זולת אם הצו הוא בעליל שלא בדין; [2] חוק השיפוט הצבאי, תשט"ו-1955 [תיקון אחרון 29/12/02] סע' 1
5 . אין חובה לקיים פקודה בלתי חוקית:
לא ישא חייל באחריות פלילית לפי הסעיפים 123,122 ו-124 אם ברור וגלוי שהפקודה שניתנה לו היא לא חוקית.
[3] פרופ' עדי פרוש. "פסק הדין בפרשת כפר קאסם, מבחן הדגל השחור והמושג של פקודה בלתי חוקית בעליל", עיוני משפט ט"ו (1990), ע"מ 247.
[4] ביד"צ מר/3/57 תובע צבאי נ' רס"ן מלינקי ואח', פס"מ יז 90, בעמ' 214-213