תכנון כביש חוצה ישראל ראשיתו בשנת 1976 עת אישרה הממשלה את תוכנית המתאר הארצית (תמ"א 3) לפיתוח רשת הדרכים במדינה. במסגרתה של התוכנית נכלל גם רעיון כביש חוצה ישראל, כחלק מפתרון בעיות עומס התחבורה באזורים העירוניים, כדרך לנייד אוכלוסייה מרצועת החוף לדרום ולצפון, ואגב כך להביא ליצירת מקורות תעסוקה חדשים באותם אזורים עם גל העלייה הגדול מברה"מ לשעבר בשנת 1990, שבה ועלתה התוכנית לסלילת הכביש כחלק מההיערכות לקליטת העלייה ולמדיניות פיזור האוכלוסין ולשם כך גובשה תמ"א 31 לבנייה, פיתוח וקליטת עלייה. צפי של 200 אלף עולים בשנה, במשך כחמש שנים, חייב יצירת אלפי מקומות תעסוקה חדשים, ופריסתם ברחבי ישראל. בהקשר זה נדרשו הוגי התוכנית לענות, בין היתר, על בעיות בתשתית התחבורתית על רקע הפיגור המתמשך בפיתוחה. באותה הזדמנות נבדק מחדש כביש מס' 6, הריהו כביש חוצה ישראל, שנקבע בתמ"א 3. חלק מהתוואי שונה, וקטעים ממנו הוסטו מזרחה, לעבר הקו הירוק. בשנת 1990  המליצה ועדת ההיגוי של תמ"א 3 להביא לאישור המועצה הארצית לתכנון ולבנייה רק את הקטעים בתוכנית תמ"א 31 שנכללו כבר בתמ"א 3 ואושרו ע"י הממשלה. זאת בניסיון להדביק את הפיגור בלוח הזמנים של התוכנית המקורית.
בראשית 1991 ערכה מחלקת עבודות ציבוריות (מע"צ), שהיתה ממונה על הפרויקט, בדיקת כדאיות כלכלית לכביש חוצה ישראל עפ"י הנתונים התחבורתיים באותה התקופה. תוצאות הבדיקה הוכיחו את כדאיותו הכלכלית של הכביש מבחינת המשק הישראלי. ב – 1993 הועברה האחריות לפרויקט לחברת "כביש חוצה ישראל" בע"מ שנמצאת כיום (בימים כתיקונם תחת שר התשתיות הלאומיות) בכפיפות לרה"מ. במטרה לעדכן את התחזיות ערכה החברה סקר באמצעות חברת מת"ת (מרכז תכנון תחבורה בע"מ) שבחן שוב את הכדאיות הכלכלית ובנוסף ערך ניתוחי תנועה עתידיים שנגזרים מסלילת הכביש. גם סקר זה אישש את כדאיותו הכלכלית של כביש מס' 6. המלצה זו האיצה בכל הגורמים הנוגעים בדבר, שר התחבורה, שר התשתיות ,שר האוצר ובזמנו גם שר השיכון (כשמע"צ היתה בתחום אחריותו) לחוקק בדצמבר 94 את חוק "כביש ארצי לישראל" בכנסת. לאחר שנבחנו מס' חלופות הוחלט לסלול את הכביש באמצעות זכיין חיצוני שיבחר במכרז ויממן, יקים יפעיל ויתחזק את הכביש ככביש אגרה למשך 30 שנה. בינואר 1998 נבחרה קבוצת "דרך ארץ" במכרז להקמת הכביש. בימים אלה שוקד היזם על סלילת שלב א' של הכביש שמיועד להסתיים ב – 2003. בהשלכה למנהל הציבורי,  ניתן לתאר "קופסה שחורה" שבמבוא שלה ישנה תשומה בדמות דרישה לסלילת כביש חוצה ישראל, ובמוצאה ישנה תפוקה בדמות החלטת ממשלה בנדון. החלטה זו הנה ערכית ועל טיבה נדון בהמשך. תפקידה של "הקופסה השחורה" לעבד את מכלול התשומות ולהפיק (רצוי, אם כי לא בהכרח מצוי) תפוקה מקסימלית באיכותה בדמות החלטה ויישום מיטביים. ברור מאליו, שאם המציאות היתה פשוטה כל כך, סביר להניח שאכן "מנגנון הקופסה השחורה" היה עובד ביעילות. אולם, מכיוון שבתהליכים מעורבים משתנים רבים, והחלטות אינן מתקבלות ע"י אדם אחד אזי המציאות אינה אידיאלית. דמוקרטיה, למשל, מסרבלת עוד יותר את תהליך העיבוד אולם לא בהכרח לרעה.